ストーリーは「東方project」の各作品を織り交ぜたものとなっており、各作品の物語を解釈・再構築した一つの大きな物語が描かれます。

プロローグから「東方紅魔郷」と「東方風神録」の事件が同時に発生し、本当はいなかったキャラクターたちが出会い、協力して異変に立ち向かいます。

主人公は、神社の巫女「霊夢」と魔法使い「魔理沙」の2人。

選んだ主人公によって一部のストーリーが変化し、それぞれの成長譚を見ることができます。

戦闘アニメーション中などの特定のシーンでは、登場キャラクターたちが活き活きとした会話を繰り広げます。

原作では描かれることのなかった「もしも」の組み合わせや、お気に入りのキャラクターたちの活躍をお楽しみください。